رغم تطور الإنتاج الزراعي في قطاع غزة و الضفة الغربية في السنوات الأخيرة إلا أنه يعاني من مشكلات كثيرة تعيق نمو هذا القطاع الاقتصادي الحيوي ، و أهم هذه المشكلات :
1- سياسية الاحتلال الصهيوني اتجاه القطاع الزراعي : تقوم سياسة الاحتلال على السيطرة على الأرض الفلسطينية و تفريغها من سكانها ، و بالتالي اتخذت عدة إجراءات للسيطرة على هذه الأراضي مثل :
أ- مصادرة الأراضي الزراعية حيث يملك المواطنون حوالي 33% من أرضي الضفة الغربية و باقي الأراضي تم مصادرته من قبل الاحتلال ، و في قطاع غزى بلغ مجموع الأراضي المصادرة 164 ألف دونم بنسبة 46% من مساحة قطاع غزة .
ب- سياسة اقتلاع الأشجار المثمرة و تجريف الأراضي الزراعية تحت شعار الأمن للمستوطنين .
ج- التحكم في عمليات التسويق للمنتجات الصهيونية حيث المخطط الصهيوني لجعل المنتجات الزراعية منتجات مكملة للمنتجات الصهيونية و ليست منافسة لها .
د- استغلال المستعمرات الاستيطانية في منافسة المنتجات الزراعية في قطاع غزة و استغلال الأيدي العاملة الزراعية للعمل في المزارع الصهيونية بأجور رخيصة .
ه- التحكم في مياه الضفة الغربية وقطاع غزة ، مما أثر على نوعية المياه و ملاءمتها للمنتجات الزراعية . التحكم في سعر مستلزمات الإنتاج الزراعي كالمبيدات و الأسمدة و الميكنة و التي لا يستطيع المزارع شرائها .
2- مشكلة الجفاف : و تنتج هذه المشكلة بسبب تذبذب الأمطار مما يؤثر على الزراعة البعلية خاصة زراعة المحاصيل الحقلية ، كما تؤثر الأمطار على المخزون المائي من المياه العذبة .
3- مشكلة ملوحة التربة و المياه : نتيجة للضخ الزائد ارتفعت نسبة الملوحة في مياه الري و بالتالي ارتفاع نسبة ملوحة التربة ، مما أثر على نوعية المحاصيل المزروعة ، فتناقصت زراعة الحمضيات و تزايدت زراعة المحاصيل التي لها قدرة على تحمل الملوحة كالزيتون و الجوافة .
4- مشكلة انجراف التربة : و تظهر هذه المشكلة في سفوح المنحدرات الجبلية و بين الكثبان الرملية حيث تغطي الرمال الأراضي الزراعية في المناطق المنخفضة بين الكثبان .
5- مشكلة الأمراض النباتية : تسبب الأمراض النباتية أضراراً و خسائر تقدر بـ 30% من قيمة المنتج الزراعي و تصل أحياناً الخسائر إلى حوالي 100% ، و تحتاج هذه الأمراض إلى استخدام المبيدات التي يتحكم فيه الاحتلال ، و تظهر أنواع جديدة من الأمراض لها قدرة على التكيف مع المبيدات مما يلحق خسائر فادحة بالزراعة .
6- مشكلة قلة رؤوس الأموال : تحتاج الأرض الزراعية إلى رؤوس أموال لا يستطيع المزارع توفيرها ، نتيجة لارتفاع أسعار مستلزمات الإنتاج الزراعي من بذور و أشتال و مياه و مبيدات و ميكنة و أيدي عاملة
7- تراجع نسبة العاملين في القطاع الزراعي : نتيجة لسياسة الاحتلال فقد هجر المزارعون الذين تعرضوا للخسائر المتتالية إلى ترك أراضيهم بوراً و العمل في الكيان الصهيوني مما أثر على كمية الإنتاج الزراعي
8- مشكلة التسويق : تعتبر مشكلة التسويق من أهم المشكلات التي يعاني منها القطاع الزراعي ، حيث يوجد تخلف في عمليات الفرز و التغليف و التعبئة و ضعف في إمكانيات التخزين و التبريد ، و وجود منافسة قوية من المنتج الصهيوني ، و ارتفاع تكاليف الإنتاج ، و غياب المؤسسات التسويقية ، مع تحكم الاحتلال في عملية التسويق .